Egy teljes év telt el Morgana eltűnése óta és amikor már majdnem minden reményt feladtak, rábukkannak Morgana-ra, aki visszatér Camelot-ba. Míg Merlin attól tart, hogy Morgana emlékszik az eltűnésének körülményeire és feladja majd őt a királynak, az örömmámorban úszó Uther ünnepi díszvacsorát rendez. Azonban hamarosan gonosz mágia keríti hatalmába Uther elméjét, mely kockára teszi Camelot biztonságát, mert miközben a királyt hallucinációk emésztik, az ellenségei már az ajtaján kopogtatnak. Merlin gyanítja, hogy Morgana áll a bűbáj mögött, de az igazság kiderítése életveszélybe sodorja, miközben Arthur rákényszerül, hogy átvegye az irányítást és szembenézzen saját ellenségeivel. Vajon meg tudják menteni a királyt és Camelot-ot a teljes pusztulástól?

Merlin-nek sikerül visszatérni a kastélyba a Nagy Sárkány segítségével. Az invázió a küszöbön áll: Morgause és Cenred összeálltak és összeesküvést szerveztek a meggyengült Uther ellen.

Cenred kezdeti vonakodását legyőzi az a tény, hogy számíthatnak egy szövetségesre Camelot falain belül, mely biztosítja számukra a kastély bevételét. Uther képtelen az irányításra, emiatt Arthur-nak kell kiállnia és megvédenie a citadellát Cenred hatalmas hadserege ellen. Mrogause segítségével a dolgok még rosszabbra fordulnak, amikor Morgana kijátssza végzetes kártyáját és megidézi a holtak seregét, hogy a halottak nagy pusztítást vigyenek véghez a kastély falain belül. Camelot sorsának terhe ismét Arthur és Merlin vállát nyomja; mindketten a maguk módján próbálják feltartóztatni mind az élők, mind a holtak seregét. Vajon sikerrel járnak?

Merlin egy titkos kamrára bukkan és véletlenül kiszabadít egy koboldot. A gonosz kis teremtmény megszállja Gaius-t és a bölcs és híres udvari gyógyítót teljesen kifordítja önmagából. A kobold három dolgot imád: az aranyat, a sört és a mágikus tréfákat. A dolgok még rosszabbra fordulnak: a király váratlanul megkopaszodik, a királyi udvart pedig ezerféle baj sújtja. Vajon Merlin megtalálja majd a bajok forrását és képes visszajuttatni a koboldot ahova való? Véget tud vetni a felfordulásnak, mielőtt igazi kár történne?

Merlin és Arthur belekeverednek egy kocsmai verekedésbe, melyben kisebbségben vannak, de egy titokzatos fiatalember segít nekik a küzdelemben győzni. A férfit Gawain-nek (Gwaine) hívják és saját életét kockáztatva menti meg Arthur-t, de a bátor cselekedet közben súlyosan megsebesül. A Herceg elviszi Gawain-t Camelot-ba, ahol Gaius segít neki a gyógyulásban. Gawain hamarosan "munkához lát": iszik, flörtöl a hölgyekkel és rengeteg bajt okoz Merlin-nek, akinek a felügyeletére bízták. Eközben két gátlástalan lovag tervet sző a Herceg meggyilkolására. Vajon Merlin és Gawain képesek lesznek megállítani őket és megmenteni Arthur életét?

Merlin összetalálkozik a rejtélyes Taliesin-nel. A ráncos öreg varázsló elviszi az ifjú boszorkánymestert a kristálybarlanghoz, és megmutat neki egy pillanatot a jövőből. De az ajándékból sokkal inkább átok lesz, amikor Merlin legnagyobb rémületére azt látja, hogy Morgana meg akarja gyilkolni Uther-t. Merlin tudja, mindent meg kell tennie, hogy a látottak ne következzenek be. Azonban amit a végzet elrendeltetett, azt megváltoztatni veszélyes játék és Merlin tettei végzetes következményekkel járnak. Miután Camelot egészét bajba sodorja, az ifjú boszorkánymester képes lesz meg nem történtté tenni a kárt, amit okozott, vagy már túl késő?

Arthur belekényszerül egy előre elrendezett házasságba egy Elena nevű hercegnővel. Még Merlin-nek is fenntartásai vannak, amikor felfedezi, Elena nem az, akinek mondja magát. Miközben Merlin megpróbálja kideríteni Elena sötét titkát, rájön, hogy Elena dadája egy tündér. De vajon mi az érdeke? És vajon mit nyernének Arthur-ral és a Camelot örökösével való házasság által? Képes lesz Merlin a megfejteni a rejtélyt, mielőtt Arthur elkövetné élete legnagyobb hibáját?

Gwen egy megoldhatatlan dilemmával kerül szembe, amikor választásra kényszerül, kinek az életét mentse meg: Elyan-ét, akivel elhidegült a viszonya, vagy Arthur-ét? Annak a tudatában, hogy egyikük biztosan meghal Cenred keze által, kit választ majd Gwen: élete szerelmét vagy egyetlen testvérét? Arthur, Merlin és Gwen összefognak, hogy kiutat találjanak, miközben a hűség és a barátság a végsőkig próbára tétetik. Morgana és Morgause azonban mindent megtesznek, amit csak tudnak, hogy ne sikerüljön a tervük. A jó győzedelmeskedik majd a rossz felett vagy Gwen megint elveszíti egyet a szerettei közül?

Arthur magányos küldetésbe kezd; meg akarja szerezni az aranyozott háromágú szigonyt a Halászkirálytól, hogy bizonyítsa önmagának, méltó Camelot trónjára. Mivel a Herceg a citadella védelmen kívülre kerül, Morgana úgy gondolja, itt a remek lehetőség, hogy sötét mágiát használjon és egy értékes karkötőt ajándékoz Arthur-nak, mely magában a foglalja a Főnix Szemét. Morgana azt állítja, ő állandóan viseli a karkötőt, mivel az megvédi őt, de a karkötő valójában elszívja az életerőt és ezáltal Arthur teljesen védtelen a Halászkirály veszélyekkel teli birodalmában. Vajon Merlin képes lesz Gwaine segítségével időben elérni Arthur-t, hogy önnön küldetését teljesítve megvédje Camelot jövendő királyát?

Alice, Gaius régi szerelme Camelot-ba érkezik. Merlin örül, hogy mentorának új oldalát ismerheti meg. De miután felfedezi, hogy Alice a Régi Vallás egyik teremtményének, a Manticore-nak a befolyása alatt áll, Merlin-nek nincs más választása, mint hogy beszámoljon Gaius-nak Alice gonosz szándékáról. A szerelemtől elvakult udvari gyógyító nem hisz Merlin-nek és a két barát eltávolodik egymástól. Miközben a király élete veszélyben forog és minden bizonyíték Alice-re és az őt hatalmában tartó gonosz mágikus lényre mutat, Melrin-nek észre kell térítenie Gaius-t, mielőtt túl késő.

Morgana-t álmok kínozzák, melyekben Guinevere-t látja Camelot királynőjének. Morgana Morgause buzdításától hajtva úgy dönt, felfedi Uther előtt, hogy Arthur Gwen-nek udvarol. Biztos benne, Uther mindent megtesz majd, hogy fia elálljon attól a szándékától, hogy feleségül vegyen egy szolgálólányt. Amikor Uther száműzi Gwen-t a királyságból, Arthur meghozza a legvégső áldozatot és úgy dönt, ő is elhagyja Camelot-ot. Morgana szégyenletes bűnténnyel vádolja meg Gwen-t, hogy megállítsa a szerelmespárt; azt állítja, Gwen elbűvölte a Herceget. Merlin-nek mindent kockára kell tennie, hogy Gwen-t megmentse a borzalmas haláltól.

Camelot legendás lovagi tornáján egyetlen szabály van - hogy nincs szabály. A mítikus városba sorra érkeznek a félelmetesnél félelmetesebb harcosok, akik közül Gilli az egyik. Kis termete ellenére Gilli is kész rá, hogy beszálljon a küzdelembe. A szeme előtt egyetlen cél lebeg: a győzelem és ebben titkos fegyvere segíti őt: a mágia. Amikor Gilli kezd ráébredni a benne rejlő erő nagyságára, Merlin kétségbe esik. Újdonsült barátja nem csak saját életét sodorja veszélybe, de tetteivel Camelot lényegét is veszélyezteti. Vajon Merlin észhez tudja tériteni Gilli-t, mielőtt túl késő?

Merlin és Arthur veszélyes küldetésre indulnak, hogy megszerezzék az Élet Serlegét, egy hatalmas mágiával bíró műtárgyat, mely a hallhatatlanság ajándékát hordozza magában. De mielőtt sikerülne hozzájutniuk a Serleghez, egy gátlástalan rabszolga-kereskedő, Jarl fogságába esnek. Egy megbízható barát siet megmentésükre és sikerül megszökniük, de Jarl-nak köszönhetően a Serleg Morgause-hoz kerül. Vajon a rendelkezésükre álló hallhatatlan hadsereggel Morgause és Morgana végleg letaszítja a trónról Uther-t?

Morgana megkoronázásával a borzalmas gonoszság uralma köszönt be Camelot ártatlan népe számára. Olybá tűnik, a Morgause parancsnoksága alatt álló hallhatatlan hadsereggel szemben Uther számára nincs semmi remény és végig kell néznie, ahogy királysága saját lánya leírhatatlan kegyetlensége miatt széthullik. Ez idő alatt a város peremén Arthur visszanyeri erejét és Gawain-nal, Lancelot-tal, Elyan-nal és Percival-lal az oldalán vakmerő ellentámadást tervez. De Merlin tudja, hogy még Arthur sem tud legyőzni egy hallhatatlan ellenséget. Vajon Merlin képes lesz időben visszaszerezni az Excalibur-t Avalon tavából, hogy megmentse mindazokat, akik a legkedvesebbek a számára?