Egyesült Államok, 2045. Az őrnagy és csapata, köztük a zöldfülű Stan, zsoldosként dolgozik, hogy megvédjék a várost a betolakodóktól. Togusa telefonhívást kap.
Nagylelkű támogató fegyverezi fel a Portyázókat, akik drónokkal támadják meg a Szellemet. Togusa új megbízást kap a békére törekvő japán miniszterelnöktől.
Miközben Togusa elmerül a kibertérben, hogy felkutassa a korábbi csapattársait, a csoportot feltartja egy titokzatos amerikai szervezet, mely meg akarja bízni őket.
Miközben a csapat eltűnése és John Smith után kutatnak, Togusa vállalja a mérlegelt kockázatot. A Szellem tagjai megkérdőjelezik küldetésük valódi jellegét.
Aramaki versenyt futva az idővel Kusanagi után indul. A Szellem megbízása elkezdődik, de Huge kiberbiztonsága arra készteti őket, hogy módosítsák a tervüket.
A 9-es részleg újraegyesítése után Kusanagi és társai tudomást szereznek a „poszt-humánokról”, akik korábban ismeretlen fenyegetést jelentenek az emberiségre.
Mikor hat év után visszatér Japánba, Batou úgy dönt, hogy tart egy kis szünetet, amíg a csapatára vár. De aztán néhány amatőr bankrabló megzavarja a szórakozását.
Az őrnagy és Smith összetűzésbe kerül a 9-es részleg új küldetése miatt. Togusának a miniszterelnök környezetében levő állítólagos kém után kell nyomoznia.
Problémák merülnek fel a 9-es részlegnél, miután Japánban a három poszt-humán közül az egyik több politikust meggyilkol, majd a miniszterelnök apósát veszi célba.
A 9-es részleg egy feltételezett poszt-humán hacker után nyomoz, aki emberek megtámadására buzdít másokat az interneten. A nyomok egy középiskolás diákhoz vezetnek.
Purin segít a Gond Rend program elemzésében, míg az őrnagy és Togusa a poszt-humán középiskolás diák, Shimamura után nyomoz.
Togusa furcsa dolgot él át, miközben a Shimamurától elkobozott adatokat elemzi. Miután felébred, Batouval nyomozni indulnak.
A 9-es részleg tagjai felkeresnek egy Philip Kukushkin nevű orosz nemzetiségű férfit, aki, úgy tűnik, sokat tud a poszt-humánok létrehozásáról.
Egy amerikai különleges műveleti egység csatlakozik a 9-es részleg csapatához a Mizukane Suzuka nevű könyörtelen poszt-humán elleni harcban.
Miközben információkat nyernek ki Kukushkin agyából, a 9-es részleg tagjai megdöbbentő dolgokat tudnak meg egy, az amerikai kormány által kifejlesztett MI-programról.
Az Őrnagy aggódik, hogy Purin esetleg az amerikaiaknak kémkedik, ezért azzal a feladattal bíz meg egy Tachikoma csapatot, hogy nézzenek utána Purin rejtélyes múltjának.
Togusa végül rájön, hogy a saját emlékeinek csapdájában rekedt – és hirtelen a lepusztult Tokióban találja magát 2045-ben.
Miután hallanak a Togusával történtekről, Batou és a többiek Tokióba indulnak. A Fukuokában maradt Őrnagy megtudja, egy poszt-humán eltérített egy atomtengeralattjárót.
A teljesen szintetikus kiborg formájában feltámasztott Purin megpróbál stoppal visszajutni Tokióba. Az amerikai különleges műveleti egység szembesül Mizukane haragjával.
Standard új információkkal látja el Batou-t és a csoportot a poszt-humán helyzetről. Az Őrnagy és Purin a csapat után megy Tokióba.
Hogy visszaszerezzék az eltérített atomtengeralattjáró feletti uralmat, a 9-es részleg csapata célba veszi Mizukanét és Takashi Shimamurát.
Shimamura felébred, és kétségbeesett lépésre szánja el magát, amivel lehetetlen helyzetbe hozza Kusanagit és csapatát.
Kusanagi és csapata mindent megtesz annak megakadályozása érdekében, hogy az USA megvalósíthassa drákói tervét, és véget vessen az N-nel való nukleáris patthelyzetnek.
A 9-es részleg csapata élete visszatér a normális kerékvágásba, mintha mi se történt volna – és ezt egyedül Kusanagi tartja furcsának.